Mučínska jaskyňa predstavuje jednoduchú lineárnu podzemnú chodbu s dĺžkou 12 m a s pravidelnou šírkou 2,5 m. Výška stropu je na začiatku 1 m, potom sa chodba zvyšuje na 1,5 m. Chodba smeruje na juhovýchod v azimute 115º. Rozmery vchodu sú 1 m výška a 2 m dĺžka. Jaskyňa je vytvorená v svetlosivých ryodacitových tufoch. V spodnej časti chodby vystupuje jemnozrnný tufit so zvyškami konárov zuhoľnatených stromov, kým vyššie časti (bočné steny a strop) sú tvorené stredno- až hrubozrnným ryodacitovým tufom. Profil chodby je po celej dĺžke oblúkovitý, tvorený mechanickým opadávaním tufového materiálu. Dno chodby tvoria taktiež popadané vrstvy ryodacitových tufov. Neďaleko od otvoru sú v jaskyni badateľné zuhoľnatené zvyšky konárov. Jaskyňa z genetického hľadiska predstavuje dutý priestor po vyvetrávaní kmeňa zuhoľnateného stromu. Po vyvetraní zuhoľnateného stromu bol podzemný priestor oblúkovite rozšírený mechanickým opadávaním tufových vrstiev. Z jaskyne a z bezprostredného okolia boli V. Sitárom určené odtlačky rastlín Celastrus acheronti, Leguminosites sp. a Eugenia sp. a z odkryvu pri jaskyni Platanus neptuni, Engelhardia orsbergensis, Celastrus bruckmanni, C. acherontis, Cassia berenices, Podocarpium podocarpum, Dalbergia nostratum a Leguminosites sp.
Jaskyňa je náučnou lokalitou. Z Mučína k jaskyni vedie prístupový náučný chodník v dĺžke 1,5 km. Pred jaskyňou je umiestnený drevený stôl s lavičkami, a priamo v obci je vybudované oddychové miesto.
Stupeň ochrany: Jaskyňa je chránená ako prírodná pamiatka